La APN esta encargada del desarrollo del Sistema Portuario Nacional, el fomento de la inversión privada en los puertos y la coordinación de los distintos actores públicos o privados que participan en las actividades y servicios portuarios, su objetivo es establecer y consolidar una solida comunidad marítima – portuaria que enlace a todos los agentes del desarrollo marítima – portuaria, estatales y privados con un objetivo en común: el fortalecimiento de la competitividad de los puertos nacionales  para hacer frente al fenómeno de la globalización y a los retos planteados por la necesidad de desarrollar a plenitud su sector exportador.